Имхо, речь идет о факультативах. Если их кто-то выбрал - занятия будут проводиться. Нечто вроде.

Студентов рассматривали бы согласно предпочтениям, в том случае, если, бы они написали заявление к каждой программе, указанной в списке как предпочитаемая.

Мало контекста. Поэтому ответ далее строится на двух предположениях: 1) упомянутые программы не факультативы (потому что нет слов optional или elective, хотя они, возможно, упоминались в заголовке параграфа и поэтому более не упоминаются); 2) речь идет о наборе студентов на новый год, а не об уже зачисленных студентах. В таком случае, можно предположить, что

"Прием студентов будет осуществляться, исходя из приоритетных программ, при условии, что студент подал заявление на обучение по всем приоритетным программам".

Смущает слово "each", дающее основание думать, что студент должен подать заявление на обучение по всем программам и только в этом случае его примут. Это все на уровне догадок. Нужно больше контекста.

Контекст немного тесноват, но, похоже, речь идет о спросе и предложении, в соответствии с которыми у преподавателей будет тот или иной выбор. Определяется он, в конечном итоге, студентами, которые записываются на тот или иной курс. И это не обязательно факультативные курсы, и не обязательно новые студенты. Еще один момент: listed относится не к preferences, а к program. Кроме того, кажется логичным поменять предложения местами.