Pues según se explica aquí, no. Y la explicación parece digna de crédito.

http://www.fundeu.es/Recomendaciones.aspx?frmOpcion=RECOMEND...
cayuco y patera
17/03/2006
Se precisa que los términos cayuco y patera no deben utilizarse como sinónimos, pues cada uno de ellos tiene un significado diferente y propio.
(...)
Además de ese significado, tiene otro en el español hablado en Guinea Ecuatorial y en las islas Canarias, donde llaman cayuco a una barca grande o barcaza que se emplea en las costas atlánticas de África para la pesca artesanal y que habitualmente lleva un motor fuera borda.
Patera es otro tipo de barcaza, también usada para la pesca, pero con distinta forma y estructura, y son las embarcaciones generalmente usadas por los inmigrantes ilegales para cruzar desde Marruecos hacia las costas de España. Por extensión se usa también la voz patera para mencionar a otros tipos de embarcaciones (como las lanchas Zodiac) usadas por los inmigrantes.
Ante esa situación,se recomienda que se distingan los nombres de cada una de esas embarcaciones y no se usen nunca como sinónimos, pues no es lo mismo un cayuco que una patera, como tampoco es lo mismo una patera que una Zodiac.

Dicho sea de paso, es mejor hablar de embarcaciones que de balsas.

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Añado el texto completo:

Se precisa que los términos cayuco y patera no deben utilizarse como sinónimos, pues cada uno de ellos tiene un significado diferente y propio.
En las noticias sobre la inmigración ilegal desde las costas de Mauritania hacia las islas Canarias ha comenzado a usarse la palabra cayuco como sinónimo de patera. Así, en una misma información, se dice que los inmigrantes llegaron en un cayuco y que una lancha de la policía remolcó dicha patera hasta el puerto.
Ante esa situación de confusión de términos, se considera oportuno advertir de que cayuco y patera no son sinónimos, aunque en ambos casos se trate de embarcaciones.
Cayuco, en la mayoría de los diccionarios de español, es una embarcación india de una pieza usada en América. Especie de bote angosto, largo y estrecho más pequeño que la canoa, con el fondo plano y sin quilla, que se gobierna y mueve con un remo ancho conocido como canalete.
Además de ese significado, tiene otro en el español hablado en Guinea Ecuatorial y en las islas Canarias, donde llaman cayuco a una barca grande o barcaza que se emplea en las costas atlánticas de África para la pesca artesanal y que habitualmente lleva un motor fuera borda.
Patera es otro tipo de barcaza, también usada para la pesca, pero con distinta forma y estructura, y son las embarcaciones generalmente usadas por los inmigrantes ilegales para cruzar desde Marruecos hacia las costas de España. Por extensión se usa también la voz patera para mencionar a otros tipos de embarcaciones (como las lanchas Zodiac) usadas por los inmigrantes.
Ante esa situación,se recomienda que se distingan los nombres de cada una de esas embarcaciones y no se usen nunca como sinónimos, pues no es lo mismo un cayuco que una patera, como tampoco es lo mismo una patera que una Zodiac.

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Otra noticia sobre el tema que puedes consultar.
http://mewnew.com/Interior/FichaArticulo.aspx?IdArticulo=215...
Patera o Cayuco